Vlastní odběr může být ovlivněn dobou odběru, polohou pacienta při odběru, typem odběrových zkumavek a technikou odběru. Poloha pacienta při odběru je významná a může ovlivnit koncentraci řady látek – při poloze ve stoje je koncentrace bílkovin o 10 % vyšší, některé hormony (aldosteron, renin, adrenalin aj.) až o 50 %. Změna polohy vleže do stoje znamená přestup tekutiny z intravazálního prostoru do intersticiálního prostoru, a tím vzestup koncentrace vysokomolekulárních látek (proteinů) a látek na ně vázaných až o 10–15 %. Změny jsou výraznější u hypertoniků, pacientů s nižší koncentrací proteinů a u starších osob. Standardní poloha pro odběr krve pacienta je vsedě (pacient by měl sedět 15 minut před odběrem).
Odběry pro mikrobiologická vyšetření (bakteriologie i infekční sérologie) ordinují i provádějí lékaři ve své ordinaci, případně v odběrové místnosti. Některé odběry (např. odběr moči, stolice) provede pacient sám na základě poučení zdravotnickým pracovníkem. Výtěry, stěry, punktáty, exsudáty jsou odebrány do sterilních zkumavek, sterilními odběrovými tampony do transportních půd a neodkladně dopraveny svozovou službou do laboratoře, případně doručeny pacientem. Měly by být odebrány z infekčního ložiska tak, aby byla minimalizována kontaminace běžnou kolonizující flórou. Moče, punktáty, sputa apod. musejí být zpracovány do 4 hodin po odběru. Moče do doby svozu mají být uloženy v lednici při teplotě 2-8 °C. Výtěry v transportní půdě se ponechávají při pokojové teplotě.
Optimální je zpracovat veškerý infekční materiál týž den. Výjimečně lze zpracovat výtěry v transportní půdě za 24 hodin, pokud není požadována anaerobní kultivace.
Odběrový materiál obdrží lékaři na základě písemné nebo telefonické objednávky v laboratoři zdarma.
